分子动力学力场参数选择与验证
📚 共计 30 章节
01
力场基础
分子动力学简介 · 力场的物理意义 · 力场在模拟中的作用
概念
核心
02
力场分类
全原子力场 · 联合原子力场 · 粗粒化力场 · 反应力场
分类
概览
03
键合相互作用
键伸缩能 · 键角弯曲能 · 二面角扭转能 · improper 二面角
键合
势能
04
非键相互作用
范德华力(LJ) · 静电(库仑) · 截断半径与长程校正
非键
长程
05
经典力场(一) AMBER
参数化方法 · 适用体系 · 典型应用
AMBER
经典
06
经典力场(二) CHARMM
参数化方法 · 适用体系 · 典型应用
CHARMM
经典
07
经典力场(三) OPLS
参数化方法 · 适用体系 · 典型应用
OPLS
经典
08
经典力场(四) GROMOS
参数化方法 · 适用体系 · 典型应用
GROMOS
经典
09
通用力场 UFF/DREIDING
参数化方法 · 适用体系 · 典型应用
UFF
DREIDING
10
反应力场 ReaxFF
参数化方法 · 适用体系 · 典型应用
ReaxFF
反应
11
极化力场 Drude/AMOEBA
Drude振子模型 · AMOEBA力场 · 参数化方法 · 适用体系
极化
AMOEBA
12
粗粒化力场 MARTINI
参数化方法 · 适用体系 · 典型应用
MARTINI
粗粒化
13
力场参数来源
文献参数 · 数据库(LigParGen/SwissParam) · 量子化学拟合
数据库
拟合
14
参数化工具(一) antechamber
小分子参数生成 · 原子类型分配 · 电荷计算
antechamber
工具
15
参数化工具(二) GAFF
使用antechamber与parmchk2生成GAFF力场参数
GAFF
parmchk2
16
参数化工具(三) CGenFF
CHARMM通用力场参数生成 · CGenFF程序
CGenFF
CHARMM
17
参数化工具(四) MKTOP/PRODRG
GROMACS拓扑文件生成 · MKTOP · PRODRG
MKTOP
PRODRG
18
电荷计算方法
RESP · HF/6-31G* · CM1A/CM2 · Mulliken电荷
电荷
RESP
19
力场验证(一) 气相单分子
几何结构 · 振动频率 · 构象能量
气相
单分子
20
力场验证(二) 液相性质
密度 · 汽化焓 · 径向分布函数
液相
RDF
21
力场验证(三) 热力学性质
自由能 · 结合能 · 溶解自由能
热力学
自由能
22
力场验证(四) 动力学性质
扩散系数 · 粘度 · 旋转相关时间
动力学
输运
23
力场验证(五) 晶体性质
晶胞参数 · 晶格能 · 弹性常数
晶体
晶格
24
力场验证(六) 生物分子体系
蛋白质折叠自由能 · DNA双螺旋稳定性
生物
折叠
25
力场比较与选择
不同力场模拟结果对比 · 选择策略
比较
策略
26
力场修正与优化
手动调整二面角 · 拟合实验数据 · 迭代优化
优化
拟合
27
力场参数不确定性分析
参数敏感性 · 误差传递 · 贝叶斯方法
不确定性
贝叶斯
28
机器学习助力力场开发
DeepMD · ANI · MACE 等机器学习力场简介
机器学习
DeepMD
29
实战案例(一) 小分子液体
力场选择与验证流程 · 小分子液体模拟
实战
液体
30
实战案例(二) 蛋白质-配体
蛋白质-配体结合模拟 · 力场选择与验证流程
实战
结合